Изследване на археолога Александра Петрова от Врачанския исторически музей повдига въпроси около сградата, известна като Болярската църква във Враца. В разработката си, озаглавена "Болярската църква pro et contra", Петрова изразява съмнения дали зданието действително е било църква, като се основава на свои проучвания.  Работата й беше включена в тазгодишните XXXV зимни четения на Регионалния исторически музей-Враца.
Пред БТА Петрова обясни, че повечето твърдения, свързани с църквата, се повтарят и се приемат за легитимни, а всъщност повдигат редица въпроси.
Една от причините тя да е на това мнение, е, че в сградата няма един от основните за българските църкви елемент – абсида. Няма и елементи, характерни за базилика. В изложението си Петрова сравнява сградата с други запазени храмове, построени през Османския период. Използва и изследване, извършено през 70-те години на миналия век от археолога Дора Димитрова от НИПК, поръчано от Окръжен народен съвет – Враца, както и друга литература, сред които книга, съставена от свещеноиконома на храма „Св. Николай“ – Петко Попстанев.  
Александра Петрова е на мнение, че подвеждането датира от 40-те години на миналия век от двама представители на фамилията Бучински, благодарение на които по това време сградата е осветена като храм. „Тогава познатият ни Димитър Бучински прави „реставрация“ на източната стена на постройката, като я разрушава от вътре. Вторият от фамилията – Петър Бучински, който е бил производител на вар след пенсионирането си, като силно вярващ християнин възстановява по думите му, цитирам - „пострадалата от бомбардировките на Враца, единствена подземна църква, в която е служил Софроний Врачански““, разказа Петрова.
Когато сградата е възстановена, е поставен и каменният надпис над входа, на който пише, че това е станало през 1943 г. Оттук е и още едно сериозно съмнение за истинността на твърдението на представителите на фамилия Бучински, тъй като бомбардировката над Враца се е случила година по-късно, през 1944 г, отбелязва Петрова.
В изследването си тя стига до извода, че сградата, която в момента се смята за Болярската църква, вероятно е имала складови функции към времето на изграждането си през Османския период. По-късно, в началото на ХХ в., според писмени данни, е използвана за съвсем други цели - като затвор, в който тогавашният митрополит затварял нарушили канона свещеници.
Александра Петрова казва,  че не отрича съществуването на болярска църква във Враца, но според нея това не е вкопаната постройка, югоизточно от храма „Св. Николай“. Най-вероятно тя е останала под основите на сегашния храм след неговото построяване. По думите ѝ нейното изследване предстои да бъде публикувано в научно издание.
БТА припомня, че през 2018 г. след дарение на Болярската църква бе поставена камбана, която бе осветена, а за сградата се грижи общественикът Христо Илиев. Целта му е да се пази и почита паметта на предците ни.