Свети Емилиан живял в крайдунавския град Доростол (днес Силистра), когато император бил Юлиан Отстъпник (360-363 г.), наречен така заради отстъплението си от християнството и опита да възстанови езическата религия. Императорът изпратил в Доростол нов управител, за да изкорени християнството от града. Уплашени от славата му на жесток управник, местните жители скрили, че сред тях има християни и обявили, че всички се кланят на езическите богове. Но ревностният християнин Емилиан открито заявил вярата си.
Той бил роб на жесток и фанатичен езичник (според други източници бил син на местен висш военен на име Севастиан). Когато господарят научил, че Емилиан вярва в Иисус Христос, започнал да го наказва с различни изтезания. Но заплахите и наказанията, вместо да пречупят Емилиан, още повече разпалили пламъка на вярата му в Христос. След половинвековна религиозна свобода погромът над християнството предизвиквал силно противодействие. Дори сам Емилиан на следващия ден отишъл в езически храм и с чук разбил идолите. Разгневените езически жреци обаче го заловили и го предали на съд.
Там дошъл и господарят на Емилиан и отново му заповядал веднага да се отрече от Христос. Но Емилиан спокойно му отговорил: "Можеш да заповядаш каквото пожелаеш и аз ще ти се подчиня, но моята вяра е извън твоите права. Аз признавам само Иисус Христос. Той е моят велик и вечен Господар, Който владее тялото и душата ми и аз никога няма да се отрека от него!".
Езичникът господар вбесен се нахвърлил срещу Емилиан. Последвали различни изтезания от палачите и накрая хвърлили мъченика върху разпалена клада край река Дунав. Това се случило на 18 юли 362 г. Останките на светеца били събрани и погребани от християните.