Йоаникий бил роден в малоазийската област Витиния в около 840 г. От малък бил възпитан в християнската вяра. Изкарвал прехраната си като овчар, а по време на войните на византийския император Константин V Копроним той бил взет във войската. Като войник бил почитан от своите другари заради кротостта и смирението си, което било рядкост сред военните. От друга страна войската трябвало да поддържа иконоборческите убеждения на императора и така незапознатият с тази ерес Йоаникий станал неволен съмишленик на иконоборците, които преследвали почитателите на иконите. Едва по-късно, когато пожелал да стане монах в един манастир в планината Олимп (днес Улудаг южно от град Бурса в Мала Азия), разбрал заблудата си. Разкаял се от сърце и останалото време от живота си посветил на иконопочитанието, като станал голям защитник на светите икони. Бил на 24 години, когато се отдал на монашески подвизи. Заедно с това се образовал и вече можел да бъде полезен на себе си и на другите.
Като натрупал духовен опит, Йоаникий отишъл да се подвизава в молитва в една пещера. Имал за правило при четене на псалмите да вмъква една своя собствена молитва: "Упованието ми е Отец, прибежището ми е Син, а покровът ми е Дух Свети. Света Троице, слава на Тебе!". Тази молитва и досега е известна като молитва на свети Йоаникий.
Още приживе Бог прославил Своя угодник, като го надарил с прозорливост и голяма мъдрост. Много хора идвали при него за съвет и помощ. Сред тях били и големите църковни светци Теодор Студит и цариградският патриарх Методий - и двамата пострадали от иконоборците. Преподобният Йоаникий сочел на всички истинския път, изцерявал болните и вършел много чудеса. Светият подвижник обходил редица манастири и мъдро наставлявал всички монаси. Починал в 834 г. на 94 години.