Пещерата „Божкова дупка“ в Сеново официално е обявена за защитена зона със заповед на Министерството на околната среда и водите.
Пещерата е обитавана от дългокрил прилеп, както и от малък, голям и южен подковонос. С обявяването й като защитена зона се цели техният вид и популация да бъдат опазени. Затова на територията на пещерата се забранява използване на продукти за растителна защита, електрифициране, извършване на стопанска и спортна дейност, палене на огън, чупене и преместване на скални образувания, търсене и добив на подземни богатства, както и преграждане на входа на пещерата или на нейните галерии.