Алер се присъедини през лятото към германския вицешампион от нидерландския Аякс за 27 милиона паунда, но все още не е дебютирал в официален мач, тъй като бе диагностициран с тумор на тестисите по време на подготвителния лагер на Борусия.
В началото на следващата година футболистът от Кот д'Ивоа ще започне кондиционни занимания и леки тренировки с топка, което се приема да обещаващ знак.
Наскоро Себастиан Алер бе в Доха, за да гледа някои мачове от Световното първенство по футбол, тъй като бе поканен като специален гост на Международната федерация – ФИФА.