Основната заслуга за създаването на музея е на директора на училището Иля Григориев и учителя Ефрем Каранов, разказаха за БТА от институцията. Тя е резултат и на първите сполучливи опити за проучване на миналото на Кюстендил и околностите му и за събиране на ценни археологически и етнографски материали, направени през 60-те години на XIX век от Георги Ангелов Друмохарски, Петър Цветанов Любенов, Ефрем Каранов и други представителите на българската възрожденска интелигенция в града в края на века като Стоян Заимов, Зинови Поппетров, Георги Колушки и Михаил Георгиев – Македонски.
В началото на XX век интересът на кюстендилското гражданство към миналото на населеното място и региона е особено засилен и провокиран от археологическите проучвания на Йордан Иванов при с. Невестино и първите системни археологически разкопки на хълма "Хисарлъка", започнати през 1906 г., със съдействието на Софийското археологическо дружество и Община Кюстендил.
Заедно с тях се започват и проучванията на Йордан Иванов при разкопките на светилището на Зевс и Хера при с. Копиловци, проведени от проф. Гаврил Кацаров. Основна заслуга за тези археологически проучвания има създаденото през 1911 г. Археологическо дружество в Кюстендил под ръководството на Ефрем Каранов.