Къщата-музей "Димитър Пешев" в Кюстендил е създадена по съвместен проект между община Кюстендил и Съюза на българските евреи в Израел, реализиран в периода август 2002 – март 2003 г. Тя е точно копие на родната къща на Димитър Пешев и сега е адаптирана в центъра на града. Самият музей беше открит на 25 октомври 2002 г., а постоянната музейна експозиция в него - на 9 март 2003 г., във връзка с 60-ата годишнина от кюстендилската акция за спасяването на българските евреи. Музейната сбирка беше обновена по повод седемдесетата годишнина от акцията по спасяването на българските евреи, припомниха от музея. При подготовката на експозицията тогава бяха използвани документи от Централния държавен архив, Архива на Министерството на вътрешните работи, Комисията по досиетата, Държавния военно-исторически архив във Велико Търново, Държавния архив в Кюстендил, Организацията на евреите в България "Шалом" в регион Кюстендил и Регионалния исторически музей в града.
Личните вещи в музея са дарение от наследниците на спасителите на българските евреи, а кабинетът на Димитър Пешев е възстановен с дарение от Народното събрание. В къщата-музей има лични вещи на всеки от петимата "праведници на света" - Асен Суйчмезов, Владимир Куртев, Димитър Пешев, Иван Момчилов и Петър Михалев, предоставени от техните наследници. Най-много от вещите са били притежание на Димитър Пешев. В сбирката са включени две чернови на известното писмо до Богдан Филов, писани от ръката на Пешев. В колекцията е и неговият часовник. Вследствие на събирателската дейност музейната сбирка е допълнена и с материали, предоставени от еврейската общност в Кюстендил. Сред тях е и паметната плоча на загиналите евреи във войните за обединението на българския народ през 1912-1913 г. и 1915-1918 г. Плочата е стояла в бившата кюстендилска синагога, която вече не съществува.