И въпреки стремежа си към усамотение, светецът станал основател на голямо монашеско братство, което заживяло в нова обител по-надолу от мястото, където свети Йоан се подвизавал. Той мъдро и с любов ги наставлявал в пътя на духовното съвършенство, оставил и писмен завет към монасите. Когато се упокоил на 18 август 946 г., бил погребан край пещерата.
Според монашеските правила, след няколко години гробът бил разкопан, за да приберат костите му в манастирската костница. Тогава установили, че тялото на светеца не се е разложило в земята - останало нетленно. Монасите го положили в нарочно изработена дървена ракла и оттогава тези свети мощи са предмет на почит от монасите и всички вярващи. Но мощите на Рилския подвижник не останали постоянно в обителта, която носи неговото име.
Десетилетия след успението му (както наричаме смъртта на светците) мощите били пренесени в българския град Средец (днес София) и положени в един храм, за да са достъпни за хилядите почитатели на светеца от града и околностите му, както и от други места на България, и от съседни страни. Това пренасяне на мощите на свети Йоан в Средец станало повод да се установи втори негов празник наред с деня на успението му. Този празник постепенно станал основният годишен празник, наричан от народа Отчовден, т.е. деня на отеца (Йоан). Него празнуваме днес с дълбоко преклонение пред светеца.