В Русе, на 12 август 1879 г., е издигнат българският военноморски флаг над подарените от Русия четири парахода, седем парни катера, една шхуна, една баржа и пет гребни лодки. С Указ № 40 от 12 ноември 1897 г. се обособяват Дунавска флотилия с щаб в Русе и Морска част с щаб във Варна. От 1 януари 1899 г. те са обединени в Управление на флота със седалище във Варна.
По време на Първата балканска война (1912 г. – 1913 г.) миноносецът “Дръзки” торпилира успешно големия брониран крайцер “Хамидие” (8 ноември 1912 г.). Флотските команди, придадени към 4-та и 2-ра армия, участват в отблъскването на турския десант при Шаркьой (26 – 28 януари 1913 г.) и в щурма на Одринската крепост (11 – 13 март 1913 г.).
През Първата световна война (1915 г. – 1918 г.) военният флот прочиства минни заграждения, извършва разузнаване и подпомага действащата армия.
Ньойският договор (27 ноември 1919 г.) забранява на България да има флот, но с неофициални средства военното ръководство успява да запази боеспособността на частите.
През Втората световна война (1939 г. – 1945 г.) флотът охранява крайбрежието и конвоира транспорти между Босфора, българските пристанища и Кюстенджа.
Днес Военноморските сили на България, интегрирани с европейските и евроатлантическите структури за сигурност, са гарант за неприкосновеността на морските граници и суверенитета на страната в морските й пространства, отбелязват от НВИМ. /ИРС