Ганчев има дълъг опит в МВР, той започва работа в структурите през 1986 г., като в периода до 2006 г. заема редица изпълните и ръководни длъжности. От 2006 г. до 2009 г. е директор на ОДМВР – Пазарджик. Ганчев е работил и в Комисията за противодействие на корупцията и за отнемане на незаконно придобитото имущество.
Емил Ганчев има опит като заместник-министър на МВР, в периода 31.01. – 09.05.2017 г. е той заема тази позиция в служебното правителство с министър-председател проф. Огнян Герджиков. От 12.05. – 23.12.2021 г. е заместник-министър на вътрешните работи в служебното правителство с министър-председател Стефан Янев.
Назначен е за служебен заместник-министър на вътрешните работи на 04.08.2022 г. със заповед на служебния министър-председател на Република България Гълъб Донев.