Централният епизоотичен съвет има за задача организиране, координиране и финансово осигуряване на мерките за профилактика, ограничаване и ликвидиране на особено опасни заразни болести, включително и болести, чието разпространение може да причини значителни икономически загуби.
Ръководител на Съвета е заместник министър-председателят по климатични политики и министър на околната среда и водите Борислав Сандов. Заместник- председател е министърът на земеделието Иван Иванов, а секретар - изпълнителният директор на Българската агенция по безопасност на храните проф. д-р Христо Даскалов. В състава му са включени министрите на вътрешните работи, на отбраната, на финансите, на здравеопазването, на транспорта и съобщенията и на икономиката и индустрията.