През втория етап на помощта земеделският стопанин получава ваучери за количеството гориво, представляващо разликата между действително изразходения през календарната 2014 г. газьол и вече получената помощ с ваучерите от първия етап. Номиналната стойност на ваучерите се изчислява от софтуер. Ваучери не се предоставят, ако земеделският стопанин на първия етап е получил помощ за повече гориво отколкото реално е изразходил.
При получаване на ваучерите за втория етап земеделският стопанин представя валиден документ за самоличност, заверена за 2014/2015 г. регистрационна карта за земеделски стопанин по Наредба 3 от 1999 г. и нотариално заверено пълномощно (ако ваучерите ще се получават от упълномощено лице).
Ваучерът се състои от три части (А, Б и В). Част А и Б се предоставят на земеделския стопанин, а част В (приемателно-предавателен протокол) остава и се съхранява в ОСЗ. Земеделският стопанин ползва помощта, като предоставя част А от ваучера на търговец на гориво, който приема част А на ваучера. Земеделците трябва да изискват от търговеца на гориво да завери с подпис и печат част Б на ваучера, да прикрепи фактурата за закупеното гориво към ваучера и да впише в нея серията и номера на ваучера. Земеделският стопанин съхранява част Б от ваучера заедно с прикрепената фактура съгласно законоустановения срок (5 години).