Той е роден на 6 август 1960 г. във Видин, според информация на сайта на Нов български университет.
Основното си образование Сергей Игнатов завършва в ОУ „Св.св. Кирил и Методий“ в родния си град, а средно през 1978 г. в 35-та Гимназия с преподаване на руски език „М.И. Калинин“ – София (днес 35 Средно езиково училище „Добри Войников“).
Приет е за студент във Великотърновския университет „Св. св. Кирил и Методий“, специалност „История“, но печели конкурс за следване в СССР. През 1985 г. завършва Ленинградския държавен университет във Факултета по изтокознание, специалност „Египтология”. Докторската си дисертация защитава в същия университет. Специализира в Dll Souls College, Оксфорд през 1993 г. и през 1995 г. През месец юни 2009 г., след защита пред Висшата атестационна комисия (ВАК), става доктор на историческите науки, а през 2010 г. става професор в Нов Български Университет (НБУ).
Проф. Сергей Игнатов е създател и директор на Българския институт по египтология към Нов български университет от 2006 г.
През 2006 г. е сред номинираните кандидати за президент на обединението на десните политически партии в България.
От август 2009 г. е заместник-министър, а от 19 ноември 2009 г. до 6 февруари 2013 г. е и министър на образованието, младежта и науката.